Se reportan 11 especies de peces agrupadas en 8 familias, se encuentran especies nativas de las familias Trymycteridae, Characidae y Astroblepus, menguadas sus poblaciones en casi todas las fuentes de aguas templadas del departamento, la trucha colonizó la mayoría de las corrientes de agua fría, siendo la causante de la desaparición de los negritos en ellas, e inclusive se le atribuye en parte de la extinción local del pato de los torrentes (Merganeta Armata).
Es probable la presencia de 6 familias de reptiles con 21 especies; un alto porcentaje de ellas benéficas para el hombre, ya que controlan roedores dañinos para los cultivos, y que en ocasiones actúan como vectores de numerosas enfermedades. La región es rica en anfibios de la familia Eleutherodactylus que sobreviven en pequeños parches de bosque secundario dispersos en la zona templada del territorio, se reportan 4 familias con 33 especies. En cuanto a aves es posible encontrar 227 especies pertenecientes a 30 familias. Entre las especies mas representativas están los pericos de montaña, varios tipos de gavilanes, carpinteros, tucanes y tángaras, también hay presencia de 18 especies de colibríes.
Hidrografía
El Municipio de Villamaría se encuentra inmerso en la cuenca del Río Chinchiná; su red hídrica puede dividirse en dos grandes áreas aferentes: la del río Chinchiná, abastecida por 13 microcuencas, en la que Los Cuervos y Chupaderos aportan los mayores caudales, y la del Río Claro que a su vez es tributario del Chinchiná, alimentada por el agua de 8 microcuencas de las cuales Molinos, Nereidas y Juntas son las de mayores aportes. Así mismo, el municipio posee numerosas fuentes de aguas termales evidenciando la intensa actividad volcánica regional; estas fuentes son predominantemente alcalinas y sulfatadas, se localizan entre los 2.500 y 3.500 msnm, con altas temperaturas en muchos casos superando los 60ºC.
Industria
Villamaría es considerado, después de Manizales el municipio más industrializado del departamento, factor en los últimos años ha generado un número importante de empleos para sus habitantes y los de Manizales. La zona industrial está ubicada sobre la carretera Panamericana y tiene un fácil acceso al área urbana de Manizales. En el sector urbano de La Pradera existe un núcleo industrial en el que tienen asiento empresas importantes de la región.
Minería
La actividad económica de los primeros moradores de Villamaría se centró en la explotación minera. Algunas de las minas continúan siendo explotadas, contabilizándose mas de 20 entre auríferas y argentíferas; las mas conocidas son: California, Gallinazo, Toldafría, La Gloria, La Telaraña, La Morisca, El Diamante, La Zorra, Pipintá, El Algarrobo, El Contento, Volcanes, Santa Ana, El Porvenir, Olivares y Termales, cuyos productos son oro, plata, plomo, zinc, hierro, caliza, cobre y antimonio.
Agricultura
El área total dedicada a la producción agrícola en el municipio es de aproximadamente 28.000 Ha., siendo e café y los maderables los cultivos que más área ocupan con 2.300 Ha., y 2.500 Ha., respectivamente; le siguen papa con 900 Ha., frutales de clima frío 650 Ha., plátano 400 Ha., leguminosas 180 Ha., y hortalizas 160 Ha. Dentro de los frutales de clima frío se destacan la manzana y la Feijoo de las cuales se estiman que se sembraron 150 Ha. Los predios de mayor tamaño se localizan principalmente en la zona fría y se encuentran dedicados a la explotación pecuaria, siendo también frecuentes los cultivos de papa.
FisiografíaLa geografía física del municipio se caracteriza por el contraste de las pendientes suaves con las muy fuertes, que originó fenómenos reposiciónales y erosivos, que al conjugarse con los procesos tectónicos, volcánicos y antrópicas formaron el relieve actual.
División Política AdministrativaLa sección territorial está dividida en área urbana y área rural. El área urbana conformada por el Villamaría Tradicional o Centro y una serie de urbanizaciones a su alrededor.
El área rural está conformada por 34 veredas.
Límites Municipales
Por el norte con el Municipio de Manizales, al occidente con los municipios de Chinchiná y Santa Rosa de Cabal (Risaralda), al oriente con los municipios de Herveo y Murillo en el departamento del Tolima y al sur con el municipio de Santa Rosa de Cabal.
Terrestres
La ciudad está unida a Manizales por carretera pavimentada de 4 Km. y por ende con todo el país, con carretera de especificaciones aceptables. Todas las veredas del municipio están comunicadas por una gran red de carreteras de penetración sin pavimentar.
